Tijdens de werking of de levensduur van een bedrijf zal het in bepaalde stadia waarschijnlijk met verschillende uitdagingen worden geconfronteerd. Net als elk ander bedrijf heeft ook verladerstransport te maken met een aantal uitdagingen tijdens haar bedrijfsvoering. Sommige van de uitdagingen dwingen sommige bedrijven om failliet te gaan vanwege de omvang van de negatieve gevolgen die aan de uitdagingen zijn verbonden. Als veel van de uitdagingen aanhouden en niet tijdig worden aangepakt, zal het grootste deel van het scheepsvervoer met verliezen werken, waardoor de meeste van hen failliet zullen gaan. Enkele van de uitdagingen waarmee scheepsvervoer wordt geconfronteerd, zijn de volgende;

Vooral in ontwikkelingslanden neemt de congestie in havens toe. De meeste havenafhandelingsfaciliteiten in ontwikkelingslanden zijn niet efficiënt vanwege technologische achterstand. Ze zijn nog niet geüpgraded naar de meest actuele technologie die efficiëntie creëert. De havens ontvangen veel lading dan ze aankunnen en dit zorgt met name bij het in- en uitklaren en doorsturen van onnodige vertragingen. Daarom wordt het grootste deel van de vervoerde lading opgehouden in de haven terwijl deze wacht op opruiming. Dit heeft nadelige gevolgen voor het vervoer van verladers.

De congestie in de haven dwingt verladers transport om meer logistiek personeel in dienst te nemen om te helpen bij het in- en uitklaren. Dit betekent dat het transport van de verlader meer kosten moet maken op het gebied van logistieke afhandeling. Een voortdurende stijging van dergelijke kosten zal ertoe leiden dat het scheepsvervoer met weinig winst zal draaien en zelfs kan verslechteren door te ontaarden in verliezen. Dit brengt het bedrijf dus in gevaar. De stijging van de operationele kosten wordt nog verergerd door torenhoge brandstofprijzen. De meeste verladers zijn voor hun machines sterk afhankelijk van brandstof. Een aanzienlijke stijging van de brandstofprijzen zal leiden tot een stijging van de operationele kosten. Dit zal de hoeveelheid winst die het bedrijf maakt, verminderen.

Een andere bedreiging voor het verladersvervoer zijn ongunstige weersomstandigheden, met name bij het zeevervoer. Onvoorspelbare weerpatronen zoals getijden en golven hebben het scheepsvervoer een grote klap gegeven. In sommige gevallen kan een schip met lading zinken door sterke golven en getijden. In andere gevallen zal een deel van de vervoerde lading in zee moeten worden gegooid om te voorkomen dat het schip zinkt. Dit zal een negatief effect hebben op de activiteiten van een bedrijf, aangezien het ernstige verliezen zal veroorzaken. Wanneer lading in zee wordt gegooid om het schip te behoeden voor zinken, draagt ​​het scheepstransport de verantwoordelijkheid om de geadresseerde te vergoeden.

Bovendien wordt het verladersvervoer ook geconfronteerd met toenemende gevallen van zeepiraterij. De meeste zeeroutes blijken onveilig te zijn, aangezien piraten vrachtschepen blijven kapen en in ruil daarvoor losgeld eisen voordat ze het schip vrijgeven. Wanneer dit gebeurt, wordt het schip voor lange tijd opgehouden, wat betekent dat het transport van de verlader geen zinvolle zaken meer kan doen totdat het losgeld is betaald. In dergelijke gevallen wordt de levering van de lading vertraagd en zelfs sommige lading kan worden getemperd voordat de levering is voltooid, omdat het schip wordt gegijzeld.