Hoewel zeevracht de meest effectieve, efficiënte en economische manier is gebleken om zware en omvangrijke zendingen in excess of lange afstanden te vervoeren, heeft het ook een aantal tekortkomingen. De nadelen die aan de zeevaart kleven, maken het echter niet tot een inefficiënte dienst. Het worden pas tekortkomingen als ze worden beoordeeld 10 opzichte van andere vervoerswijzen die beter kunnen scoren op het gebied van vervoer. Hieronder volgen enkele van de nadelen die een persoon kan tegenkomen bij het gebruik van zeevrachtvervoerdiensten.
Zeevracht wordt altijd beschouwd als een langzamer vervoermiddel in vergelijking achieved weg- en luchtvervoer. Dit komt door het grootste deel van de goederen en het gewicht dat het draagt. Het verzenden van zendingen van de ene plaats naar de andere, vooral about lange afstanden, kan een aanzienlijke hoeveelheid tijd kosten om op de bestemming aan te komen. Afhankelijk van hoe lang de reis duurt, kan zeevracht zelfs enkele maanden duren. Dit maakt zeevrachtvaart ongeschikt voor zendingen die zeer urgent zijn. Men zou dus zijn toevlucht moeten nemen tot andere middelen, zoals weg- en luchtvracht. Bederfelijke goederen kunnen niet worden vervoerd through zeevracht, vooral als er geen speciale diensten zoals koeling zijn. De goederen kunnen dus hun bestemming bereiken als ze oud zijn.
Zeevrachtvaart is alleen geschikt voor zware en omvangrijke zendingen. Bij kleinere zendingen zal het niet effectief blijken te zijn. De zeevaart heeft namelijk een minimumeis voor te vervoeren lading. Het stelt de minimale lading in die gentlemen achieved deze support kan vervoeren. Dit betekent dat een geadresseerde die vracht heeft die onder de minimale vrachteis ligt, additional tarieven moet betalen om de ruimte en het gewicht die niet worden gebruikt te dekken. In een dergelijk geval kan luchtvracht als zeer geschikt worden beschouwd.
In de afgelopen tijd is de zeevrachtvaart bedreigd door piraten. De piraten kapen een schip samen met zijn lading en eisen losgeld voordat ze het vrijgeven. Dit kan behoorlijk lang duren voordat het schip wordt losgelaten. Dit betekent dat er verstoringen zijn in de normale bedrijfsvoering als de lading aan boord zakelijk bedoeld was. Als iemand bijvoorbeeld goederen importeert voor verkoop op de lokale markt, betekent dit dat de voorraad lang zal worden opgehouden voordat het schip wordt vrijgegeven. Bovendien zullen goederen die aan bederf onderhevig zijn, uiteindelijk oud worden en dit zal een groot verlies zijn voor de ontvanger. De dreiging van piraterij heeft een negatief effect gehad op de veiligheid van de zeevaart.
Een ander groot nadeel van de zeevrachtvaart is dat het bij een ongeval altijd onmogelijk is om de lading terug te halen. Het grootste deel van de zending is onherstelbaar omdat het in de diepe zeeën zinkt. In andere gevallen kunnen zendingen zoals ruwe olie waterverontreiniging veroorzaken wanneer deze bij een ongeval in zee terechtkomt. Dit leidt dus tot aantasting van het milieu en vormt een bedreiging voor het waterleven.